平成１３年に明石市は高家寺本堂を明石市指定有形文化財に指定しました。
高家寺本堂は平成７年１月の兵庫県南部地震（阪神・淡路大震災）により震災被害を受けており、早急に修復工事を実施する必要があると考え、 本工事を文化財の修復工事として平成１５年４月〜平成１６年３月の間で行いました。
高家寺本堂の北・東縁下部を改修する工事に伴って、２回に分けて当該地の発掘調査を実施しました。
本堂北側では、現地表面約４０cm下より、一辺約８０cmの方形をした柱穴が５基、東西方向に並んで見つかりました。 柱間は約２.５ｍあり、穴の深さは８０cmでした。
本堂の東側の地表より約３０cmの深さに瓦を焼いた平窯が３基出土されました。 窯の大きさは２m×１.２mで内部の両側の側壁には岸畦とよばれる段が設けられていました。 この畦の上に瓦を立てて載せ、窯詰めしたことがわかっています。 これらの小型の平窯はいずれも室町時代のものと推定されています。 また、同時に出土した瓦類も室町時代（１５世紀）のものと考えられます。
